配合99年5月12日制定公布之產業創新條例僅保留研究發展支出投資抵減優惠，立法院於本(99)年5月28日三讀通過，自99年度起，營利事業所得稅稅率由20%調降為17%。
　　財政部說明，本次稅率調降及產業創新條例大幅縮減租稅優惠措施，將可適度解決我國長期提供各種租稅抵減優惠措施所造成之所得稅稅基侵蝕、產業間所得稅負擔不公、稅制複雜及徵納雙方爭議等問題，有助於進一步貫徹「輕稅簡政」之改革理念，預期達成下列效益：
一、調降營利事業所得稅稅率至17％，促進產業與國際接軌
本次配合產業創新條例之制定，同步修正所得稅法，將營利事業所得稅稅率由20%調降至17％，可使我國公司之所得稅稅率較中國大陸（25％）及韓國（22％）為低，亦與新加坡（17％）及香港（16.5％）相當，有效營造低稅負並具國際競爭力之租稅環境，將可帶動整體經濟及產業發展，創造國民就業機會，進而對整體稅收應有挹注效果。
二、降低中小企業及傳統產業租稅負擔
過去我國採用租稅優惠措施，協助產業發展。高科技產業實質有效稅率較中小企業及傳統產業實質有效稅率為低，屢受外界質疑稅制獨厚高科技產業。為澈底調整過去產業政策租稅優惠遭外界誤解「重高科技、輕傳產」之疑慮，透過本次營利事業所得稅稅率之調降，全面降低營利事業所得稅負擔，落實政府照顧中小企業及傳統產業之用意，並促進產業全面發展，以維護租稅公平。
三、簡化稽徵作業
產業創新條例將原促進產業升級條例提供之租稅優惠大幅縮減，僅保留研究發展支出投資抵減乙項，可簡化稽徵程序，進而減少長期以來徵納雙方之爭議，有效營造公平、效率、簡化及具國際競爭力之租稅環境，以創造透明且低稅負之投資環境，減少企業稅務成本，使全體產業共享改革效益。
　　財政部進一步說明，營利事業所得稅稅率調降至17％，估計減少稅收約新臺幣343億元，惟透過改革帶動整體經濟及產業發展，增加我國廠商及外商投資意願，進而創造國民就業機會，間接促使股利及薪資所得之成長，將有助於擴大營利事業所得稅及綜合所得稅之稅基，對整體所得稅稅收應有挹注效果。
　　財政部表示，本案經總統公布後，營利事業於辦理99年度暫繳申報時，即可適用修正後之稅率計算繳納暫繳稅款。