考量97年度全國546萬綜合所得稅申報戶，適用0%及6%稅率納稅義務人分別為35%及40%(合計75%)，其所得多以薪資所得為主，經核定後多屬無須繳稅或僅適用最低課稅級距稅率，惟可能因其兼職所得及非每月給付之薪資(如年終獎金)超過免扣繳標準(99年為33,333元)須辦理扣繳而產生退稅案件，為減少退稅件數及金額，降低稽徵成本及依從成本，財政部爰擬具「各類所得扣繳率標準」第2條、第14條及「薪資所得扣繳辦法」第5條、第8條、第10條修正草案，經行政院99年12月7日核定，財政部於今日發布。修正要點如下：
一、各類所得扣繳率標準：
(一)納稅義務人如為中華民國境內居住之個人，其薪資扣繳率由全月給付總額之6%降為5%；兼職所得及非每月給付之薪資，依扣繳辦法之規定扣繳。(修正條文第2條)
(二)修正條文第2條，自100年1月1日施行。(修正條文第14條)
二、薪資所得扣繳辦法：
(一)薪資受領人未依規定填報免稅額申報表者，其薪資扣繳率由全月給付總額之6%降為5%；兼職所得及非每月給付薪資之扣繳率為5%。（修正條文第5條）
(二)兼職所得及非每月給付之薪資，扣繳義務人每次給付金額未達薪資所得扣繳稅額表無配偶及受扶養親屬者之起扣標準者，免予扣繳。（修正條文第8條）
(三)修正條文第5條及第8條，自100年1月1日施行。(修正條文第10條)
　　財政部表示，本案修正施行後，調降居住者薪資所得扣繳率及提高其兼職所得及非每月給付薪資之起扣標準，預估可減少綜合所得稅申報退稅案件約45餘萬件，減少綜合所得稅申報退稅金額約40億元，除降低稽徵機關處理綜合所得稅退稅案件時間、人力及物力成本外，納稅義務人亦無需另行辦理綜合所得稅結算申報退稅，且可增加納稅義務人可支配所得，達到簡政便民之目標。